传染病疫情报告工作是疾病监测的一部分，属被动监测，即医疗机构发现传染病病例后，经过一定的法定程序报告到国家指定的机构，然后对数据进行核实、整理和分析，对传染病控制策略和措施的制定提供参考。

    在 2004 年以前，此报告系统的运作方式为：医疗机构发现传染病病例后，由接诊医师填写传染病报告卡，报至医院保健科，再邮寄或送到属地防疫机构，防疫机构再逐级汇总，汇总数据最后报至国家卫生部。这是周期很长的过程，汇总数据主要有旬报、月报、季报和年报，而且没有个案信息，此报告系统及时性、完整性和准确性均不高，对传染病防治策略制定的参考意义有限。

    从 2004 年 1 月 1 日起 ，国家开始建设传染病及突发公共卫生事件网络直报系统，此系统为一基于 INTERNET 的网络平台，全称为“中国疾病预防控制信息系统”，包括疾病监测报告系统（大疫情）、突发公共卫生事件报告系统、死因监测报告系统、健康危害因素监测报告系统、疾病预防控制基本信息报告系统、重点传染病监测报告系统、救灾防病报告系统、儿童预防接种报告系统以及各种专病报告系统（鼠疫、肺结核、艾滋病、流感禽流感等），此系统的运行极大地提高了疾病预防控制信息报告的效率。

    此系统已不单纯是传统意义上的传染病报告系统，涵盖了疾病预防控制工作的方方面面，监测的范围从最初的甲乙类传染病扩大为甲乙丙类传染病及其它传染性疾病、不明原因肺炎、群体性不明原因疾病、死亡病例、中毒病例（包括农药中毒、有害气体中毒等）、突发公共卫生事件等等。报告及时性、准确性和完整性也有了极大的提高。以传染病报告为例，报告内容由原来的甲、乙类传染病扩大到甲、乙、丙类传染病以及其它的传染性疾病；实现了个案信息的报告；报告间隔时间从原来的接近 10 天缩短到数小时等等。报告效率的提高为卫生部门对传染病疫情及突发公共卫生事件的响应争取了时间，也提高了应急处理的质量。